Sua origem remonta ao ano de 1630, quando naquele lugar foi levantada uma pequena capela para venerar uma imagem de Nossa Senhora da Imaculada Conceição, mandada trazer do Brasil por um português chamado Antônio Farias de Sá. Um amigo seu aceitou o encargo de trazê-la.

Depois de uma longa jornada, ao chegar às margens do rio Luján, ele e seus companheiros de viagem detiveram-se para passar a noite numa fazenda de propriedade da família Rosendo.

Na madrugada seguinte, quando quiseram prosseguir a viagem, os bois de tração, por mais que se esforçassem, não conseguiam pôr em movimento a carreta na qual se encontrava a imagem. Desceram, então, parte da carga, para diminuir o peso. Mas foi em vão. Depois de várias outras tentativas inúteis, tiraram por fim a caixa que continha a imagem da Virgem, e logo os bois puderam arrastar o veículo, sem dificuldade.

Colocando-a de volta, novamente os animais viam-se impossibilitados de mover a carreta. Os tropeiros entenderam ser isso um aviso dos Céus: Nossa Senhora queria permanecer e ser venerada naquele lugar. E assim, deixaram a imagem na fazenda dos Rosendo.

A notícia do maravilhoso fato correu por toda a região, chegando até Buenos Aires, e muitas pessoas começaram a viajar em peregrinação ao local. Como crescia continuamente a devoção popular, o fazendeiro construiu ali uma pequena capela. Em pouco tempo, formou-se em torno dela um povoado, chamado "Vila de Nossa Senhora de Luján". Ano após ano, crescia o afluxo de fiéis, bem como o número de milagres operados pela maternal intercessão da Virgem Mãe de Deus. Assim, em 1730, a autoridade eclesiástica local criou no vilarejo uma paróquia.

Décadas depois, animado por um sacerdote especialmente devoto da Virgem, o Padre Salvaire, o Episcopado argentino apresentou ao Papa Leão XIII, em nome de todos os fiéis do Rio da Prata, uma petição para que a imagem de Nossa Senhora de Luján fosse coroada como Padroeira da Argentina.

O Pontífice não só concedeu o que se lhe pedia, maBasilica_interior.jpgs abençoou ele mesmo a coroa, e outorgou Missa e Ofício próprios para sua festividade. Em maio de 1887, realizou-se a solene cerimônia de coroação.

Passados três anos, o mesmo Padre Salvaire iniciou a construção da atual igreja. O projeto ficou a cargo do renomado arquiteto francês Ulderico Curtois. Ela foi inaugurada em 1910 e elevada à categoria de basílica, pelo Papa Pio XI, em 1930.